http://hdl.handle.net/11627/1 2026-09-22T23:47:31Z 2026-09-22T23:47:31Z Delgado-Rey, Alejandro http://hdl.handle.net/11627/6804 2026-09-18T20:59:48Z 2026-01-01T00:00:00Z

Caracterización estructural y bioquímica de la esterasa termoestable Ta0887 de Thermoplasma acidophilum Delgado-Rey, Alejandro "Las esterasas microbianas son enzimas versátiles y estables con una amplia variedad de aplicaciones biotecnológicas. Sin embargo, pocas esterasas han sido caracterizadas de arqueas, una fuente importante de enzimas extremófilas. En este estudio, presentamos la caracterización bioquímica y la estructura cristalina de Ta0887, una nueva esterasa de la arquea termoacidófila Thermoplasma acidophilum. La proteína se clonó, expresó y purificó exitosamente como proteína recombinante en Escherichia coli. Los ensayos de dispersión de luz revelaron que Ta0887 es un monómero en solución. Los ensayos de actividad utilizando ésteres de p-nitrofenil (p-NP) confirmaron su actividad esterasa, mostrando una preferencia de sustrato por p-NP hexanoato (C6). La sustitución del residuo de serina en la posición 95 por alanina resultó en la abolición completa de la actividad enzimática, confirmando así su papel esencial como el residuo nucleofílico de la tríada catalítica. La enzima presentó una actividad óptima a 65 °C y pH 8.0. De manera notable, Ta0887 exhibió una elevada estabilidad térmica, reteniendo un 66% de actividad residual tras incubarse a 80 °C por 2 horas, en concordancia con su punto medio de desnaturalización térmica de 80.6 °C. La estructura cristalina de Ta0887, resuelta a 1.93 Å, reveló un dominio central α/β-hidrolasa constituido por una lámina β de ocho hebras, rodeadas por siete hélices α, y un dominio tapa compuesto por cuatro hélices α. Ta0887 presenta un bolsillo de unión al sustrato amplio en la interfaz entre los dos dominios, que contiene los residuos conservados Ser95, Asp187 y His215 de la tríada catalítica. Hasta donde sabemos, esta es la primera esterasa caracterizada de T. acidophilum. Los hallazgos de este estudio proporcionan una base para la futura ingeniería de Ta0887 con el objetivo de mejorar su potencial para aplicaciones industriales y biotecnológicas."; "Microbial esterases are versatile and stable enzymes with a wide range of biotechnological applications. However, few esterases have been characterized from archaea, an important source of extremophilic enzymes. In this study, we report the biochemical characterization and crystal structure of Ta0887, a novel esterase from the thermoacidophilic archaeon Thermoplasma acidophilum. The protein was successfully cloned, expressed, and purified as a recombinant protein in Escherichia coli. Light-scattering assays revealed that Ta0887 is a monomer in solution. Activity assays using p-nitrophenyl (p-NP) esters confirmed its esterase activity, showing a substrate preference for p-NP hexanoate (C6). The substitution of the serine residue at position 95 for alanine resulted in the complete abolition of enzymatic activity, thereby confirming its essential role as the nucleophilic residue of the catalytic triad. The enzyme exhibited optimal activity at 65 °C and pH of 8.0. Notably, Ta0887 displayed high thermal stability, retaining 66% residual activity after incubation at 80 °C for 2 hours, consistent with its thermal denaturation mid-point temperature of 80.6 °C. The crystal structure of Ta0887, resolved at 1.93 A, revealed an α/β-hydrolase core domain consisting of an eight-strand β-sheet, surrounded by seven α-helices, and a cap domain comprising four α-helices. Ta0887 features a large substrate-binding pocket at the interface between the two domains that contains the conserved residues Ser95, Asp187, and His215 of the catalytic triad. To our knowledge, this is the first characterized esterase from T. acidophilum. The findings from this study provide a basis for the future engineering of Ta0887 with the aim of enhancing its potential for industrial and biotechnological applications."

2026-01-01T00:00:00Z Vera Salazar, Laura Angélica http://hdl.handle.net/11627/6794 2026-09-10T21:41:30Z 2026-01-01T00:00:00Z

Caracterización funcional de Abf1 en diferentes procesos metabólicos del ADN en Candida glabrata (Nakaseomyces glabratus) Vera Salazar, Laura Angélica "Candida glabrata es un hongo comensal que puede comportarse como patógeno que ha sido clasificado como un agente causante de infección de alto riesgo debido a su resistencia innata y adquirida a antifúngicos y al incremento en su tasa de incidencia. Uno de sus principales factores de virulencia es la adherencia a tejidos epiteliales del hospedero, la cual se debe a la expresión de genes que codifican proteínas de la pared principalmente pertenecientes a la familia Epa. La transcripción de los genes EPA está sujeta a una regulación por silenciamiento subtelomérico, mediada por factores como Rap1, yKu70/80 el complejo SIR (Sir2, Sir3 y Sir4) y la proteína Abf1. Abf1 o ARS-Bindig Factor 1, es una proteína que se une en todo el genoma y ha sido ampliamente caracterizada en S. cerevisiae. Previamente, en nuestro grupo de investigación, determinamos que ABF1 es un gen esencial en C. glabrata, involucrado tanto en el establecimiento y mantenimiento del silenciamiento subtelomérico como en la regulación del ciclo celular. En este trabajo, investigamos el papel de Abf1 en la regulación de distintos procesos del ADN. Para ello, analizamos los efectos de la represión de ABF1 mediante el uso de un promotor condicional que se reprime en presencia de aminoácidos; bajo estas condiciones, identificamos mutaciones supresoras que rescatan la viabilidad celular en ausencia de Abf1 y determinamos que dicha supresión no está asociada al plásmido. Por otro lado, encontramos que la transcripción de ABF1 se autorregula negativamente y Abf1 forma homodímeros que se localizan en el núcleo. Asimismo, encontramos que Abf1 de S. cerevisiae complementa de manera heteróloga a la cepa abf1∆ de C. glabrata. Finalmente, demostramos que Abf1 es importante para la supervivencia de C. glabrata después del daño al ADN por radiación UV y destacamos el papel crucial de la región C-terminal en este proceso. Además, Abf1 es necesario para la asimilación de fuentes de carbono no fermentables."; "Candida glabrata is a commensal fungus that can behave as a pathogen and has been classified as a high‑risk infectious agent due to its innate and acquired resistance to antifungals and the increase in its incidence rate. One of its main virulence factors is adherence to epithelial tissues in the host, which is due to the expression of genes that encode cell wall proteins, mainly belonging to the Epa family. Transcription of the EPA genes is subject to regulation by subtelomeric silencing, mediated by factors such as Rap1, yKu70/80, the SIR complex (Sir2, Sir3 and Sir4), and the Abf1 protein. Abf1, or ARS-Binding Factor 1, is a protein that binds throughout the genome and has been extensively characterized in S. cerevisiae. Previously, in our research group, we determined that ABF1 is an essential gene in C. glabrata, involved both in the establishment and maintenance of subtelomeric silencing and in the regulation of the cell cycle. In this work, we investigated the role of Abf1 in the regulation of different DNA processes. To this end, we analyzed the effects of ABF1 repression by using a conditional promoter that is repressed in the presence of amino acids; under these conditions, we identified suppressor mutations that rescue cell viability in the absence of Abf1 and determined that this suppression is not associated with the plasmid. On the other hand, we found that ABF1 transcription is negatively autoregulated and that Abf1 forms homodimers that localize to the nucleus. Likewise, we found that S. cerevisiae Abf1 heterologously complements the C. glabrata abf1∆ strain. Finally, we show that Abf1 is important for the survival of C. glabrata after DNA damage caused by UV radiation and we highlight the crucial role of the C‑terminal region in this process. In addition, Abf1 is required for the assimilation of non‑fermentable carbon sources."

2026-01-01T00:00:00Z Robles López, Erandi Litzey http://hdl.handle.net/11627/6777 2026-06-22T15:02:11Z 2026-01-01T00:00:00Z

Phenotypic characterization of contemporaneous clinical isolates of Candida glabrata Robles López, Erandi Litzey "Candida glabrata is an important opportunistic pathogen due to its ability to rapidly adapt to host environments and develop antifungal resistance. Recent studies have shown that strains isolated from the same clinical sample at the same time point and sharing a clonal origin, known as contemporaneous strains, may exhibit phenotypic and genotypic variability from the early stages of infection. In this context, we analyzed contemporaneous clinical isolates of C. glabrata obtained from different patients (P6, P8, and P10) to determine whether genotypic and phenotypic variability exists among isolates derived from the same infectious episode. We selected 40 contemporaneous isolates derived from blood samples from the three patients and determined whether they share a clonal origin by microsatellite length polymorphism (MLP) genotyping using the molecular markers RPM2, MT-I, and ERG3, as well as the EPA1 microsatellite regions. Phenotypic characterization under multiple stress conditions showed similar response profiles among contemporaneous isolates from P8. Contemporaneous isolates from P10 showed reduced growth on non-fermentable carbon sources but preserved mitochondrial respiratory function. Isolates from P6 showed differential growth under fluconazole stress; however, MIC50 showed no significant differences in susceptibility to fluconazole, caspofungin, or micafungin using two methods. Duplication times in the presence of fluconazole did show some differences between two contemporaneous isolates from P6, which suggests the early emergence of phenotypic variability among them. This variability could contribute to the underestimation of antifungal interactions in clinical settings and possibly leading to ineffective treatments and the subsequent acquisition of resistance to first-line antifungal agents."; "Candida glabrata es un importante patógeno oportunista debido a su capacidad para adaptarse rápidamente a los ambientes del hospedero y desarrollar resistencia antifúngica. Estudios recientes han demostrado que cepas aisladas de una misma muestra clínica en un mismo punto temporal que comparten un origen clonal, conocidas como cepas contemporáneas, pueden presentar variabilidad fenotípica y genotípica desde las etapas iniciales de la infección. En este contexto, analizamos aislados clínicos contemporáneos de C. glabrata obtenidos de diferentes pacientes (P6, P8 y P10) para determinar si existe variabilidad genotípica y fenotípica entre los aislados derivados del mismo episodio infeccioso. Se seleccionó un total de 40 aislados contemporáneos derivados de muestras sanguíneas de los tres pacientes. Se determinó si tienen un origen clonal mediante genotipificación por polimorfismos en la longitud de microsatélites (MLP), utilizando los marcadores moleculares RPM2, MT-I y ERG3, además de las regiones microsatélite de EPA1. La caracterización fenotípica bajo múltiples condiciones de estrés mostró perfiles de respuesta similares entre los aislados contemporáneos del P8. Los aislados contemporáneos del P10 mostraron crecimiento reducido en fuentes de carbono no fermentables, pero conservaron la función respiratoria mitocondrial. Los aislados del P6 mostraron diferencias de crecimiento bajo estrés por fluconazol, sin embargo, la determinación de la MIC50 mediante dos métodos no mostró diferencias significativas de susceptibilidad para fluconazol, caspofungina o micafungina. Los tiempos de duplicación en presencia de fluconazol sí muestran algunas diferencias entre dos aislados contemporáneos del P6, lo que sugiere la aparición temprana de variabilidad fenotípica entre estos. Esta variabilidad podría contribuir a la subestimación de las interacciones antifúngicas en el contexto clínico, lo que podría resultar en tratamientos ineficaces y la posterior adquisición de resistencia frente a antifúngicos de primera línea."

2026-01-01T00:00:00Z Sagarminaga Calderón , Kate http://hdl.handle.net/11627/6774 2026-06-18T19:19:53Z 2026-06-18T00:00:00Z

Diseño molecular, síntesis y enfoque bioinformático de twin drugs sobre los blancos farmacológicos PPARy/AT1 para el tratamiento de diabetes e hipertensión Sagarminaga Calderón , Kate "Contexto: La coexistencia de diabetes mellitus tipo 2 (DMT2) e hipertensión arterial sistémica (HAS) presenta una estrecha relación fisiopatológica, donde factores como la resistencia a la insulina y la obesidad actúan como denominadores comunes. Su manejo clínico tradicional mediante polifarmacia reduce la adherencia al tratamiento debido a la complejidad posológica. Para abordar esta problemática, se propuso el diseño racional de una serie de cuatro compuestos híbridos moleculares (twin drugs) estructurados estratégicamente para actuar de manera dual y equilibrada sobre el receptor nuclear PPARy y el receptor de membrana AT1. Métodos: El proyecto se abordó en tres etapas interconectadas. En primer lugar, se consolidó una ruta sintética convergente de dos etapas: una alquilación de Williamson para acoplar el núcleo bifenilcarbonitrilo con diversos derivados fenólicos, seguida de una hidrólisis básica simultánea de los grupos éster y nitrilo con KOH y una posterior acidificación con HCl. La identidad de los intermediarios se confirmó por RMN (1D y 2D). En segundo lugar, se realizaron estudios bioinformáticos de acoplamiento molecular (docking) con AutoDock 4.2.3 para determinar las energías libres de Gibbs y mapear las interacciones bidimensionales en los sitios activos de PPARy y AT1. Finalmente, se evaluó la toxicidad aguda in vitro mediante un bioensayo dependiente de la dosis con nauplios de Artemia salina expuestos a un gradiente de concentraciones durante 24 horas. Resultados: La síntesis química arrojó la obtención exitosa de los intermediarios KSC 5-8 con rendimientos del 68.61% al 89.55%, y de los productos finales KSC 1-4 con rendimientos de hasta 74.77% e incrementos notables en su estabilidad térmica (temperaturas de descomposición de 237 °C a >300 °C). Los ensayos de docking (validados con valores de RMSD de 0.458 Å en PPARy y 0.205 Å en AT1) demostraron que todos los compuestos interactúan de forma espontánea en ambos bolsillos terapéuticos. En PPARy se reveló un anclaje polar con la tríada esencial Ser289, His323 y Tyr473, mientras que en AT1 se observó un puente salino con el residuo Arg167. El compuesto KSC 4 destacó como el líder de la serie con la mejor afinidad teórica (G = -10.32 kcal/mol en PPARy y -9.21 kcal/mol en AT1). En la evaluación toxicológica, todos los compuestos mostraron CL50 superiores al límite de citotoxicidad inespecífica; KSC 1 exhibió toxicidad moderada (CL50 = 56.28 µM), mientras que KSC 2, 3 y 4 se clasificaron como "Ligeramente tóxicos", presentando KSC 4 el perfil más seguro y el mayor margen de seguridad (CL50 = 131.98 µM; UT = 0.757). Conclusiones: La integración del modelado computacional y las pruebas en el laboratorio demostraron la viabilidad y alta eficiencia de la metodología sintética desarrollada. Los resultados posicionan formalmente a KSC 4 como un candidato prometedor. De este modo, se cumplen los objetivos planteados al sentar las bases analíticas y biológicas indispensables para el futuro desarrollo de las evaluaciones in vitro e in vivo de estos compuestos."

2026-06-18T00:00:00Z