http://hdl.handle.net/11627/1 Wed, 24 Jun 2026 21:19:27 GMT 2026-06-24T21:19:27Z http://hdl.handle.net/11627/6777 Phenotypic characterization of contemporaneous clinical isolates of Candida glabrata Robles López, Erandi Litzey "Candida glabrata is an important opportunistic pathogen due to its ability to rapidly adapt to host environments and develop antifungal resistance. Recent studies have shown that strains isolated from the same clinical sample at the same time point and sharing a clonal origin, known as contemporaneous strains, may exhibit phenotypic and genotypic variability from the early stages of infection. In this context, we analyzed contemporaneous clinical isolates of C. glabrata obtained from different patients (P6, P8, and P10) to determine whether genotypic and phenotypic variability exists among isolates derived from the same infectious episode. We selected 40 contemporaneous isolates derived from blood samples from the three patients and determined whether they share a clonal origin by microsatellite length polymorphism (MLP) genotyping using the molecular markers RPM2, MT-I, and ERG3, as well as the EPA1 microsatellite regions. Phenotypic characterization under multiple stress conditions showed similar response profiles among contemporaneous isolates from P8. Contemporaneous isolates from P10 showed reduced growth on non-fermentable carbon sources but preserved mitochondrial respiratory function. Isolates from P6 showed differential growth under fluconazole stress; however, MIC50 showed no significant differences in susceptibility to fluconazole, caspofungin, or micafungin using two methods. Duplication times in the presence of fluconazole did show some differences between two contemporaneous isolates from P6, which suggests the early emergence of phenotypic variability among them. This variability could contribute to the underestimation of antifungal interactions in clinical settings and possibly leading to ineffective treatments and the subsequent acquisition of resistance to first-line antifungal agents."; "Candida glabrata es un importante patógeno oportunista debido a su capacidad para adaptarse rápidamente a los ambientes del hospedero y desarrollar resistencia antifúngica. Estudios recientes han demostrado que cepas aisladas de una misma muestra clínica en un mismo punto temporal que comparten un origen clonal, conocidas como cepas contemporáneas, pueden presentar variabilidad fenotípica y genotípica desde las etapas iniciales de la infección. En este contexto, analizamos aislados clínicos contemporáneos de C. glabrata obtenidos de diferentes pacientes (P6, P8 y P10) para determinar si existe variabilidad genotípica y fenotípica entre los aislados derivados del mismo episodio infeccioso. Se seleccionó un total de 40 aislados contemporáneos derivados de muestras sanguíneas de los tres pacientes. Se determinó si tienen un origen clonal mediante genotipificación por polimorfismos en la longitud de microsatélites (MLP), utilizando los marcadores moleculares RPM2, MT-I y ERG3, además de las regiones microsatélite de EPA1. La caracterización fenotípica bajo múltiples condiciones de estrés mostró perfiles de respuesta similares entre los aislados contemporáneos del P8. Los aislados contemporáneos del P10 mostraron crecimiento reducido en fuentes de carbono no fermentables, pero conservaron la función respiratoria mitocondrial. Los aislados del P6 mostraron diferencias de crecimiento bajo estrés por fluconazol, sin embargo, la determinación de la MIC50 mediante dos métodos no mostró diferencias significativas de susceptibilidad para fluconazol, caspofungina o micafungina. Los tiempos de duplicación en presencia de fluconazol sí muestran algunas diferencias entre dos aislados contemporáneos del P6, lo que sugiere la aparición temprana de variabilidad fenotípica entre estos. Esta variabilidad podría contribuir a la subestimación de las interacciones antifúngicas en el contexto clínico, lo que podría resultar en tratamientos ineficaces y la posterior adquisición de resistencia frente a antifúngicos de primera línea." Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/11627/6777 2026-01-01T00:00:00Z http://hdl.handle.net/11627/6774 Diseño molecular, síntesis y enfoque bioinformático de twin drugs sobre los blancos farmacológicos PPARy/AT1 para el tratamiento de diabetes e hipertensión Sagarminaga Calderón , Kate "Contexto: La coexistencia de diabetes mellitus tipo 2 (DMT2) e hipertensión arterial sistémica (HAS) presenta una estrecha relación fisiopatológica, donde factores como la resistencia a la insulina y la obesidad actúan como denominadores comunes. Su manejo clínico tradicional mediante polifarmacia reduce la adherencia al tratamiento debido a la complejidad posológica. Para abordar esta problemática, se propuso el diseño racional de una serie de cuatro compuestos híbridos moleculares (twin drugs) estructurados estratégicamente para actuar de manera dual y equilibrada sobre el receptor nuclear PPARy y el receptor de membrana AT1. Métodos: El proyecto se abordó en tres etapas interconectadas. En primer lugar, se consolidó una ruta sintética convergente de dos etapas: una alquilación de Williamson para acoplar el núcleo bifenilcarbonitrilo con diversos derivados fenólicos, seguida de una hidrólisis básica simultánea de los grupos éster y nitrilo con KOH y una posterior acidificación con HCl. La identidad de los intermediarios se confirmó por RMN (1D y 2D). En segundo lugar, se realizaron estudios bioinformáticos de acoplamiento molecular (docking) con AutoDock 4.2.3 para determinar las energías libres de Gibbs y mapear las interacciones bidimensionales en los sitios activos de PPARy y AT1. Finalmente, se evaluó la toxicidad aguda in vitro mediante un bioensayo dependiente de la dosis con nauplios de Artemia salina expuestos a un gradiente de concentraciones durante 24 horas. Resultados: La síntesis química arrojó la obtención exitosa de los intermediarios KSC 5-8 con rendimientos del 68.61% al 89.55%, y de los productos finales KSC 1-4 con rendimientos de hasta 74.77% e incrementos notables en su estabilidad térmica (temperaturas de descomposición de 237 °C a >300 °C). Los ensayos de docking (validados con valores de RMSD de 0.458 Å en PPARy y 0.205 Å en AT1) demostraron que todos los compuestos interactúan de forma espontánea en ambos bolsillos terapéuticos. En PPARy se reveló un anclaje polar con la tríada esencial Ser289, His323 y Tyr473, mientras que en AT1 se observó un puente salino con el residuo Arg167. El compuesto KSC 4 destacó como el líder de la serie con la mejor afinidad teórica (G = -10.32 kcal/mol en PPARy y -9.21 kcal/mol en AT1). En la evaluación toxicológica, todos los compuestos mostraron CL50 superiores al límite de citotoxicidad inespecífica; KSC 1 exhibió toxicidad moderada (CL50 = 56.28 µM), mientras que KSC 2, 3 y 4 se clasificaron como "Ligeramente tóxicos", presentando KSC 4 el perfil más seguro y el mayor margen de seguridad (CL50 = 131.98 µM; UT = 0.757). Conclusiones: La integración del modelado computacional y las pruebas en el laboratorio demostraron la viabilidad y alta eficiencia de la metodología sintética desarrollada. Los resultados posicionan formalmente a KSC 4 como un candidato prometedor. De este modo, se cumplen los objetivos planteados al sentar las bases analíticas y biológicas indispensables para el futuro desarrollo de las evaluaciones in vitro e in vivo de estos compuestos." Thu, 18 Jun 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/11627/6774 2026-06-18T00:00:00Z http://hdl.handle.net/11627/6773 Diseño y síntesis de nuevos agentes antituberculosos basados en la estructura de Linezolid, Pretomanid y Delamanid López Tristán, Armando "La enfermedad de la Tuberculosis (TB) es ocasionada principalmente por Mycobacterium tuberculosis (MTB), un problema de salud pública que pese a ser curable y los esfuerzos realizados para erradicarla, se ha convertido en la segunda causa infecciosa de muertes a nivel global. El tratamiento de TB implica un régimen de tratamiento con múltiples medicamentos por un periodo de tiempo que puede extenderse de meses a años. Sin embargo, a principios del siglo XXI, se comenzaron a reportar casos de cepas multirresistentes a los principales medicamentos utilizados en su tratamiento, denominadas multirresistentes (TB MDR). El número de casos ha aumentado considerablemente, comenzando a registrarse casos de cepas resistentes tanto a los medicamentos principales como a los alternativos, denominadas como cepas extremadamente resistentes (TB XDR). El incremento de casos tanto de TB-MDR y TB-XDR ha generado una necesidad urgente de la búsqueda y desarrollo de nuevas alternativas terapéuticas. El uso de diversas estrategias como el diseño racional de fármacos (DRF), ha permitido el desarrollo de nuevas moléculas con potencial terapéutico, disminuyendo factores como capital y tiempo invertidos en el desarrollo de nuevos medicamentos, presentando ventajas en aspectos farmacocinéticos como el aumento de la actividad terapéutica, el aumento de la potencia, disminución de la toxicidad e incluso permite la disminución del consumo de múltiples medicamentos “polifarmacia”."; "Tuberculosis disease (TB) is primarily caused by Mycobacterium tuberculosis (MTB), a public health problem that, despite being curable and efforts made to eradicate it, has become the second leading infectious cause of deaths worldwide. TB treatment involves a multipledrug regimen for a period of time that can extend from months to years. However, at the beginning of the 21st century, cases of multidrug-resistant strains, known as multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB), began to be reported. The number of cases has increased considerably, with cases of strains resistant to both the main drugs and alternative therapies, known as extremely drug-resistant tuberculosis (XDR-TB). The increase in both MDR-TB and XDR-TB has generated an urgent need for the search and development of new therapeutic alternatives. The use of various strategies such as rational drug design (RDD), has allowed the development of new molecules with therapeutic potential, reducing factors such as the capital and time invested in the development of new drugs, presenting advantages in pharmacokinetic aspects such as increased therapeutic activity, increased potency, decreased toxicity and even allows for a decrease in the consumption of multiple medications “polypharmacy”." Tue, 16 Jun 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/11627/6773 2026-06-16T00:00:00Z http://hdl.handle.net/11627/6763 RdDM-Dependent Epigenetic Regulation Coordinates Systemic Immunity and Compatibility with Trichoderma atroviride in Arabidopsis thaliana Rosendo-Vargas, Maria Montserrat; Ávila-Castillo, Valeria; Rashmi, Kumari; Casas Flores, J. Sergio Epigenetic regulation plays a central role in modulating plant immune responses and interactions with beneficial microbes. In this study, we investigated the contribution of RNA-directed DNA methylation (RdDM) components—DCL3; AGO9; DCL1; and the de novo DNA methyltransferases CMT3, DRM1, and DRM2—to the interaction between Arabidopsis thaliana, Trichoderma atroviride, and foliar pathogens. We show that DCL3 and AGO9 differentially regulate basal and inducible immunity, negatively affecting resistance to the necrotrophic fungus Botrytis cinerea, while promoting defense against the hemibiotrophic bacterium Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. Transcriptional analyses revealed that RdDM components modulate the balance between jasmonic acid/ethylene (JA/ET) and salicylic acid (SA) signaling pathways, influencing the amplitude and coordination of defense responses. In addition, DCL3 and DCL1 appear to be required for the full expression of T. atroviride-mediated systemic resistance, whereas AGO9 and DNA methyltransferases contribute to efficient root colonization. Notably, mutants in these pathways displayed enhanced basal resistance but impaired responsiveness to beneficial microbial signals, revealing a trade-off between constitutive defense activation and inducible systemic protection. Consistent with this, alterations in RdDM components were also associated with changes in plant growth dynamics under specific conditions, supporting a role for epigenetic regulation in coordinating growth–defense trade-offs. Together, our findings support a model in which epigenetic regulation controls defense responsiveness, enabling plants to balance immune activation, growth and compatibility toward beneficial microbes. All datasets generated and analyzed during this study are publicly available in the institutional repository of IPICYT. Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://hdl.handle.net/11627/6763 2026-01-01T00:00:00Z