Epidemiología molecular de la tuberculosis en San Luis Potosí

Abstract

"CONTEXTO: El estado de San Luis Potosí sufre las vulnerabilidades socioeconómicas y factores de riesgo determinantes de la TB y aunque México es un país prioritario para elcontrol de la TB, los estudios de epidemiología molecular son escasos en general y nulos en el estado. MÉTODOS: Recolectamos y analizamos los datos sociodemográficos y clínicos completos de 248 pacientes de TB pulmonar (TBP) entre los 432 casos confirmados por cultivo en el periodo 2006-2010 de la población sujeta a vigilancia epidemiológica de esta enfermedad. Por otro lado, determinamos los espoligotipos, especies, linajes y familias del Complejo Mycobacterium tuberculosis (CMTB) de 332 aislados de TBP diagnosticados entre 2006 y 2011. Estimamos los índices de diversidad genética de Nei y de Simpson y el índice de transmisión-mutación (TMI). Los aislados del CMTB involucrados en cadenas de transmisión reciente fueron identificados por sus patrones de 15 loci MIRU-VNTR entre clústeres de aislados con espoligotipos idénticos y vínculos geográficos. Los índices discriminatorios de los genotipos VNTR fueron calculados con la fórmula de Hunter-Gaston y las cepas emergentes del CMTB identificadas con el método de Storey aplicado a los espoligotipos. RESULTADOS. La tasa de incidencia de TBP varió entre 2.4 y 33.4 (casos por 100,000 habitantes) en las seis jurisdicciones sanitarias del estado, que fueron agrupadas en regiones de baja (jurisdicciones I, II y III), intermedia (IV y V) y alta incidencia (VI) con tasas de 6.2, 17.3 y 33.4 respectivamente. La mediana de edad de los pacientes fue 50 años y los casos predominaron en hombres y amas de casa. Entre los aislados del CMTB 324 tuvieron espoligotipos de M. tuberculosis (97.6%) y ocho de M. bovis (2.4%). Doscientos veinticuatro aislados se agruparon en espoligoclústeres, siendo los principales de los genotipos SIT53 (n = 96) y SIT42 (n = 20). Predominó el Linaje 4 (Euro-Americano) con 304 aislados, seguido del Linaje 1 (Indo-Oceánico) con 14 aislados y el Linaje 2 (Asiático Oriental) con seis aislados. Los valores de los índices fueron: H = 0.91 (Nei), S = 0.09 (Simpson), TMI = 0.11. Entre los 32 espoligoclústeres identificados estuvieron geográficamente relacionados siete, formados por 31 aislados (9.3% del total) en clústeres de 2 a 14 aislados."

"BACKGROUND: The state of San Luis Potosí is adversely affected by socio-economic vulnerabilities and risk factors determinant of tuberculosis (TB) and, although Mexico is a high-priority country for the TB control, molecular epidemiology studies are scarce at large in the country and inexistent in the state. METHODS: We collected and analyzed complete sociodemographic and clinical data from 248 patients of pulmonary TB (PTB) confirmed by culture in the population under epidemiologic surveillance from 2006 to 2010. On the other hand, we determined the spoligotypes, species, lineages and families of 332 Mycobacterium tuberculosis Complex (MTC) isolates from the PTB cases diagnosed from 2006 to 2011. We estimated Nei’s and Simpson’s diversity indexes and the transmissionmutation index (TMI). MTC isolates involved in recent transmission chains were identified through their 15 MIRU-VNTR loci patterns from spoligoclusters with identical patterns and geographic links. The discriminatory genotype indexes for each MIRU-VNTR locus were calculated with the Hunter-Gaston formula, and emergent MTC strains identified with the Storey method applied to spoligotypes. RESULTS. The PTB incidence rates varied from 2.4 to 33.4 (cases by 100.000 inhabitants) in the six state sanitary jurisdictions, which were grouped in regions of low (jurisdictions I, II and III), intermediate (IV and V) and high incidence (VI) with respective rates of 6.2, 17.3 and 33.4. The median age of patients was 50 years and TBP cases predominated in men and housewives. Amongst the MTC isolates, 324 (97.6%) had M. tuberculosis spoligotypes and eight (2.4%) had M. bovis spoligotypes. Two hundred twenty-four isolates were grouped in spoligoclusters, mainly of SIT53 (n = 96) and SIT42 (n = 20) genotypes. The Lineage 4 (Euro-American) predominated with 304 isolates, followed by Lineage 1 (Indo-Oceanic) with 14 isolates, and Lineage 2 (East-Asian) with six isolates. Values of the indexes were: H = 0.91 (Nei), S= 0.09 (Simpson), TMI = 0.11. Among the 32 spoligoclusters —constituted by 31 isolates (9.3%) in clusters of 2 to 14— only seven were geographically linked. In these clusters we resolved twenty-five MIRU-VNTR types, and identified six pairs of isolates involved in recent transmission chains (3.7% of the total); three pairs from cases with proven contacts and three without proven contacts corresponding to the Beijing family. The Gunter-Gaston discriminatory index for the 15 MIRU-VNTR loci was 0.997. "