Detección molecular específica y oportuna de tres especies de Candida comunes en infecciones humanas: C. albicans, C. tropicalis y C. parapsilosis.

Abstract

"Las infecciones causadas por algunas especies de Candida son la causa principal de las micosis oportunistas en humanos a nivel mundial. Dentro de las especies de mayor interés clínico están: C. albicans, la especie predominante; C. tropicalis, C. glabrata y C. parapsilosis. El diagnóstico oportuno de estas especies es de vital importancia para la supervivencia de pacientes inmunosuprimidos pues varias especies pueden ser menos susceptibles a algunos antimicóticos. En el presente trabajo optimizamos un método de PCR punto final para 8 parejas de oligonucleótidos que de manera especie-específica permiten la detección de tres especies frecuentes en infecciones humanas causadas por Candida. Tres parejas detectaron a C. albicans, tres a C. tropicalis y dos a C. parapsilosis. Este método detecta bajas concentraciones de ADN genómico y la detección no se ve afectada aún en presencia de altas concentraciones de ADN de otras especies relacionadas. Las ocho parejas son altamente específicas para la secuencia para la cual fueron diseñadas. Analizamos 52 aislados clínicos provenientes de dos hospitales nacionales, C. albicans fue la especie más frecuente (38.5%), seguida por C. tropicalis (34.6%) y C. parapsilosis (5.8%). Al comparar los resultados de PCR punto final con los resultados de VITEK-2 (BioMeriux) encontramos que 81% de los resultados concuerdan entre ambos métodos. El 90% de todas las muestras, incluyendo todas las que no concordaron, se compararon con el método considerado “estándar de oro” API ID32C (BioMeriux). El 98% de los resultados obtenidos con API ID32C (51 de 52), coinciden con nuestros resultados por PCR."

"Hospital acquired infections caused by Candida species are the main cause of fungal opportunistic infections worldwide. The most important species in the clinic are: Candida albicans, the most frequent species, Candida glabrata, Candida tropicalis and Candida parapsilosis. Prompt diagnosis of the species causing the infection is of the utmost importance for the survival of immunocompromised patients since some species are less susceptible to antifungal agents. In this work we optimized a PCR based method for 8 pairs of oligonucleotides that specifically detect three of these frequent species of Candida in a species-specific manner. Three pairs of oligonucleotides detect C. albicans, three others detect C. tropicalis and two detect C. parapsilosis. This method can detect low genomic DNA concentrations and it is not affected by the presence of high concentrations of DNA from other related species. The eight pairs are highly specific for detection of the species against which they were designed. We analyzed 52 clinical isolates from two hospitals in Mexico: C. albicans was the most common species (38.5%), followed by C. tropicalis (34.6%) and C. parapsilosis (5.8%). Comparison of our PCR results with those obtained by VITEK-2 (BioMeriux) showed that 81% of the results agree in both methods. 91% of all the samples, including those that were different between these two methods were compared to a third one considered the gold standard, API ID32C (BioMereux). 98% of the isolates analyzed with API ID32C (51/52) coincided with the results obtained by our PCR method."